Nel 523 ebbero luogo le ultime venationes nel Colosseo, ma studi recenti hanno dimostrato che sin dal IV secolo si iniziò a spogliare il Colosseo dei suoi materiali, e che per la fine di quel secolo si erano già ostruiti alcuni canali di scolo. Si presume che allinizio del V secolo il sistema idraulico e fognario nel settore sudovest avesse cessato di funzionare, dato che le tubazioni e le fontane erano state asportate. Vi è testimonianza che lanfiteatro fosse ancora sostanzialmente intatto in occasione dei vicennalia di Valentiniano III, nel 444, ma cinquanta anni dopo era molto danneggiato, molto probabilmente in seguito ad un terremoto.
Nella valle del Colosseo prevalentemente nel settore nordest, sono state rinvenute complessivamente 89 sepolture, datate dalletà di Diocleziano a quella di Teodorico (secoli IV-VI). In particolare, dentro ed intorno allanfiteatro sono state rinvenute 63 tombe, ma ci è nota lubicazione di solo 56 di esse.
Queste 56 sono concentrate in tre gruppi: 15 sul lato orientale e 18 sul lato settentrionale si trovavano al di fuori dellarea di rispetto dellanfiteatro, pavimentata in travertino, che allora era ancora oggetto di manutenzione; il terzo gruppo di 23 tombe (del VI secolo) fu trovato allinterno del portico sul lato settentrionale, quindi si pensa che durante il V secolo la zona venne abbandonata, ma che lanfiteatro era ancora in uso. Dopo, quando venne chiuso, fu utilizzato per le sepolture.
Liscrizione a sinistra datata 484 o 508 commemora i lavori che il Praefectus Urbi Decius Marius Venantius Basilius aveva fatto fare a sue spese per riparare larena ed il podio, danneggiati da un terremoto "abominandus". Le riparazioni di Venantius sono probabilmente consistite nello smantellamento del colonnato superstite, facendo scivolare le colonne giù nei sotterranei dellarena e riempiendola di terra. Nel 519 Eutaricus Cillica tenne i giochi, in un Colosseo senza colonnato e con altri gravi danni alla cavea, ingressi ecc.
Quando nel 1810-14 Carlo Fea fece scavare larena, trovò tre strade sovrapposte lungo lasse maggiore. La più antica era addossata al riempimento di Venanzio. Più tardi, nel 1874-75, P. Rosa affrontò gli strati più antichi risalenti ai tempi di Venantius, e rinvenne il 70% delle colonne del portico superiore, un gran numero di lapidi, le decorazioni di marmo dei vomitoria, blocchi di travertino e tufo, assi di legno e parti dei macchinari degli ipogei. Si scoprirono almeno 20 enormi colonne, con i loro capitelli, che erano cadute dal portico superiore ed avevano danneggiato la cavea soprattutto nei settori NE-SE.
Le ultime venationes sono registrate nel 523, quando il re Teodorico autorizzò le celebrazioni per il consolato di Anicio Massimo. Nello stesso tempo il re definì i giochi "actus detestabilis, certamen infelix" ed incolpò Tito per aver speso tutti quei soldi in una costruzione destinata a celebrare la morte. Durante il suo regno la zona venne bonificata, e nellarena fu pavimentata una strada che collegava il Colosseo con il Celio.
Più tardi, pare che lanfiteatro fosse chiuso da barriere di legno, ma non è certo se sia stata una chiusura in attesa di una riapertura o per difendere una proprietà. Tra i secoli VI e XIII il livello di calpestio dellanfiteatro, anche sotto i portici, crebbe di 1,3 metri. Allinterno di questo strato si sono rinvenuti muri, una vasca per la preparazione della calce e la strada pavimentata a livello del riempimento di Venanzio. Alcuni muri furono abbattuti per poter più facilmente accedere allarena, e ciò ha fatto pensare che il luogo fosse divenuto una specie di piazza lungo lunico collegamento di quei tempi tra Colosseo e Celio.
Secondo Rossella Rea, la prima occupazione del Colosseo intesa a spogliarlo sistematicamente dei materiali risale al periodo tra la seconda metà del IV secolo e la seconda metà/fine del VII. E accertato che sin da allora si iniziò ad estrarre le pietre dellanfiteatro ed a utilizzarle come materiali da costruzione. A quei tempi lunica istituzione stabile era la Chiesa, e sappiamo che Papa Gregorio Magno introdusse la pratica di riciclare gli antichi templi e basiliche, convertendoli in chiese cristiane.
La città aveva ormai perso importanza e popolazione, a seguito delle ripetute
invasioni e saccheggi dellItalia. Alla fine del VI secolo Roma contava solo 90.000 abitanti, che si ridussero a 17.000 alla fine del XIV secolo,
quando i Papi si trasferirono ad Avignone, in Francia (al culmine della sua espansione
imperiale Roma contava 1 milione o più di abitanti).
Ormai Roma era divenuta una piccola città, ristretta in un nucleo circondato da campi,
orti, rovine e fattorie, e questa situazione si protrasse praticamente sino alla fine del
XIX secolo.
Il Colosseo era allora al di fuori della città medievale, che si concentrava lungo le rive del Tevere. Ulteriori terremoti nell801 e 847 probabilmente causarono ulteriori danni. Lanfiteatro iniziò ad essere ricoperto da vegetazione ed alberi, e si racconta che fosse addirittura frequentato da lupi. Col tempo, il livello del terreno si era progressivamente elevato, interrando così una buona metà degli archi al piano terreno.
Nell'XI secolo Roma era caduta nelle mani di famiglie baronali, in costante lotta tra di loro. Si iniziarono a costruire delle alte torri per motivi di difesa (alcune sono ancora in piedi, a memoria del turbolento medioevo romano). Una delle principali famiglie di quei tempi, i Frangipane, occupò lintera zona del Colosseo, che fu trasformato in un palazzo fortificato. Nel 1144 i Romani bandirono le famiglie baronali dalla città, nel tentativo di liberare Roma dallinfluenza del Papa e della nobiltà, e di stabilire un Senato ad imitazione di quello antico. Il Colosseo fu allora occupato e dichiarato proprietà della libera municipalità di Roma. Nel 1159 però i Frangipane rioccuparono lanfiteatro.
Nel 1216 la famiglia degli Annibaldi tentò di cacciare i Frangipane dal Colosseo, e la tenzone durò sino alla fine del secolo, con la vittoria finale degli Annibaldi, che occuparono il monumento, ma che furono obbligati, nel 1312, a restituirlo alla Chiesa. Non è certo lo stato di conservazione del Colosseo nel secoli XII-XIII. Vi è testimonianza di una specie di corrida con tori, organizzata nel 1332, in cui pare che 18 giovani della nobiltà romana persero la vita, ma lattendibilità di questa storia è dubbia (Delehaye, voce Colosseum in Catholic Encyclopedia).
Nel 1231 parte della facciata sul lato sudovest crollò durante un violento terremoto, ma i maggiori danni furono causati da un altro terremoto nel 1349, di cui rimane testimonianza in una lettera di Francesco Petrarca. Nel XIV secolo le famiglie degli Orsini e dei Colonne ebbero il permesso di asportare pietre e marmi. Nel 1439 i materiali furono utilizzati per costruire la tribuna di S. Giovanni. Fu in questo periodo che iniziò in grande stile lasportazione di marmi, tufo e laterizi. E riportato che solo negli anni 1451-1452 si asportarono 2.522 carri, per essere utilizzati nella costruzione di S. Pietro e le mura della città.
Il Colosseo fu poi suddiviso, e le varie sezioni furono donate ad ordini religiosi. Lordine degli Olivetani costruì addirittura un muro per collegare la sua porzione di anfiteatro al vicino convento di S. Maria Nova. Nel medioevo si perse completamente la memoria dei giochi e della funzione dellanfiteatro, e si iniziò a pensare che la costruzione fosse stata un tempio dedicato al Dio Sole, o al diavolo. In questo periodo le guide di Roma destinate ai pellegrini descrivono generalmente il Colosseo come un tempio rotondo, dedicato a varie divinità, che un tempo era stato coperto da una cupola di bronzo, o forse di rame. In quei tempi iniziarono a circolare varie leggende sulla natura del grande edificio circolare: palazzo di Tito e Vespasiano, tempio di demoni, sede di occultismo, ed altro...




